Distinguer la pourriture phytophthoréenne de la brûlure phomopsienne dans le soya

La pourriture phytophthoréenne et la brûlure phomopsienne sont deux maladies qui peuvent réduire le rendement du soya et qui sont présentes dans toutes les régions productrices de soya au Canada. Comme les symptômes qu’elles causent sont assez similaires, ces maladies sont souvent confondues l’une pour l’autre. Cet article explique comment les distinguer et les identifier.

La pourriture phytophthoréenne est causée par les champignons aquatiques Phytophthora sojae et Phytophthora sansomeana, P. sojae étant le plus répandu.

La brûlure phomopsienne, qui est causée par Diaporthe caulivora, est l’une des maladies associées au complexe Diaporthe-Phomopsis au Canada. Ce complexe est également associé à trois autres maladies : la pourriture des graines, qui est principalement causée par Diaporthe longicolla (ancien nom Phomopsis longicolla); le dessèchement des tiges et des gousses, qui est causé par Diaporthe sojae; et la brûlure phomopsienne causée par Diaporthe aspalathi, un autre champignon aquatique qui n’a pas encore été recensé au Canada. Toutefois, comme des cas de brûlure phomopsienne causée par Diaporthe aspalathi ont été observés jusqu’au Minnesota, sa limite nord actuelle, cette maladie est incluse dans cet article.

À quel moment l’infection survient-elle?

Pourriture phytophthoréenne : Le phytophthora profite généralement du sol humide au moment de la levée pour infecter les plantules. Toutefois, les infections peuvent survenir tout au long de la saison de croissance lorsque le sol est humide ou saturé. Les sols humides soutiennent la croissance de ce champignon aquatique pathogène. L’infection survient généralement sous la surface du sol et cause une pourriture molle des racines.

Brûlure phomopsienne : L’infection survient généralement pendant les premiers stades végétatifs (V1 à V7) du soya, le stade V3 étant le stade où le soya est le plus vulnérable1. Le champignon infecte initialement les nœuds des tiges, les racines sont donc épargnées.

Ces maladies sont-elles associées à certains types de sols?

Pourriture phytophthoréenne : Sols argileux, compactés et mal drainés.

Brûlure phomopsienne : Sols riches en matière organique, sols fertiles et champs où des résidus de soya sont présents².

Quelles conditions de croissance favorisent le développement de la maladie?

Pourriture phytophthoréenne : Sols saturés et chauds. Le phytophthora peut infecter le soya lorsque la température du sol est supérieure à 10 °C; toutefois, une température du sol supérieure à 15,5 °C est beaucoup plus favorable à une infection grave³.

Brûlure phomopsienne :

• Longues périodes (de 24 à 96 heures) de températures modérées (de 22,2 °C à 35,5 °C), de temps pluvieux au début du développement de la culture (autour du stade V3) et d’humidité relative élevée (≥ 80 %)¹.
• Cultures abîmées par le grêle⁴.

À quel moment les symptômes deviennent-ils apparents?

Pourriture phytophthoréenne : Les symptômes apparaissent généralement après de longues périodes pluvieuses lorsque la température du sol est supérieure à 15,5 °C.

Brûlure phomopsienne : La maladie est généralement latente au cours des premiers stades de croissance et se manifeste pendant les stades reproductifs du soya. Les semis infectés peuvent mourir rapidement.

Quels sont les symptômes de ces maladies?

Pourriture phytophthoréenne :

Jeunes plants

• Le phytophthora infecte initialement les racines et la maladie progresse de façon ascendante dans la tige.
• Les racines brunissent et pourrissent et leur dépérissement entraîne la fonte des semis (Figure 1)⁵.
• Les semis malades doivent être analysés en laboratoire pour déterminer si la maladie est causée par le pythium ou le phytophthora.

Plants plus âgés

• Les feuilles jaunissent et se flétrissent, mais elles demeurent attachées à la plante.
• Les plants sont rabougris (Figure 2).
• Une lésion brun chocolat apparaît dans la partie souterraine de la plante et progresse vers le haut pour atteindre les premiers nœuds de la tige (Figure 3).
• Des lésions brunes apparaissent sur les racines, puis les tissus internes prennent une couleur beige ou brune.
• Les plants morts se trouvent généralement en zones ou dans des sections de rangs.
• Chez les variétés tolérantes, le seul symptôme peut être la pourriture des racines.
• La brûlure phomopsienne et la pourriture phytophthoréenne produisent des lésions similaires; toutefois, les lésions de la brûlure phomopsienne commencent généralement près d’un nœud et progressent autant vers le haut que vers le bas de la tige.

Brûlure phomopsienne :

• Des légions brun-rougeâtre à brun foncé apparaissent près des nœuds pendant les premiers stades reproductifs de la plante (Figures 4 and 6). Les infections qui se produisent près des nœuds inférieurs peuvent sembler avoir commencé dans la partie souterraine de la plante.
• Les lésions de la brûlure phomopsienne ont généralement un pourtour plus foncé.
• Des tissus verts sont généralement présents au-dessus et sous les lésions (Figures 4, 5, et 6).
• À mesure que la maladie progresse, les lésions s’allongent et deviennent brun foncé ou noires. Elles s’enfoncent et peuvent finir par étrangler la tige (Figures 5 and 7).
• Les plants peuvent présenter des symptômes de carences dus à l’étranglement de la tige.
• Les lésions de la brûlure phomopsienne peuvent être situées plus haut sur la tige que celles de la pourriture phytophthoréenne⁴.
• La brûlure phomopsienne n’affecte pas les racines, contrairement à la pourriture phytophthoréenne.
• Les plants peuvent mourir soudainement et prématurément.
• Habituellement, la maladie affecte seulement quelques plants répartis au hasard ou quelques petites zones du champ; il est rare que tout un champ soit touché.
• Initialement, les feuilles peuvent présenter une chlorose internervale (un symptôme plus souvent observé dans les cas de brûlure phomopsienne causée par Diaporthe aspalathi), puis les tissus entre les nervures meurent (Figure 8).
• Les feuilles infectées demeurent attachées à la plante.
• Les tiges peuvent être facilement cassées où des lésions sont présentes.
• Une plante peut avoir des tiges latérales saines et des tiges latérales malades s’il n’y a pas d’étranglement de la tige principale.
• L’intérieur de la tige peut devenir brun².

Ces maladies peuvent-elles être confondues avec d’autres maladies du soya?

Pourriture phytophthoréenne : Selon la gravité de la maladie, les lésions de la brûlure phomopsienne et de la pourriture phytophthoréenne peuvent être confondues. Les lésions de la pourriture phytophthoréenne apparaissent initialement dans la partie souterraine de la plante et progressent vers le haut alors que les lésions de la brûlure phomopsienne apparaissent initialement près des nœuds de la tige. Dans le cas de la brûlure phomopsienne, des tissus verts demeurent présents au-dessus et sous les lésions (Figures 4 and 6). En outre, la pourriture phytophthoréenne affecte les racines de la plante alors que la brûlure phomopsienne ne les affecte pas.

Brûlure phomopsienne :

• La chlorose internervale est un symptôme commun à la brûlure phomopsienne, à la pourriture des tiges et au syndrome de la mort subite (Figure 8). Une chlorose est plus souvent observée dans les cas de brûlure phomopsienne causée par Diaporthe aspalathi que dans les cas de brûlure phomopsienne causée par Diaporthe sojae.
• Les lésions de la pourriture phytophthorénenne et de la brûlure phomopsienne peuvent être confondues; toutefois, dans le cas de la brûlure phomopsienne, des tissus verts demeurent présents au-dessus et sous les lésions.
• Dans les cas de brûlure phomopsienne, des lésions peuvent se trouver près du sol tout comme dans les cas de pourriture phytophthoréenne; toutefois, la brûlure phomopsienne ne provoque pas la pourriture des racines. En outre, les lésions de la brûlure phomopsienne progressent vers le bas de la plante alors que celles de la pourriture phytophthoréenne progressent du sol vers le haut de la plante.
• De loin, il est très difficile de dire si le jaunissement d’un champ de soya est attribuable à la moisissure blanche, à la pourriture phytophthoréenne, au syndrome de la mort subite et à la pourriture des tiges.

Quelles sont les stratégies de gestion efficaces contre ces maladies?

Pourriture phytophthoréenne :

• Choisir des variétés de soya dotées d’un ou de plusieurs gènes Rps et d’une bonne tolérance au champ, et les utiliser conjointement avec un traitement de semence efficace contre le phytophthora.
• Choisir des variétés de semences dotées des gènes Rps qui confèrent une résistance aux pathotypes de Phytophthora sojae qui ont été recensés dans le champ.
• Il existe de nombreux pathotypes de Phytophthora sojae et, généralement, on en retrouve plusieurs dans chaque champ; l’identification des pathotypes est donc nécessaire pour choisir des variétés qui sont résistantes aux pathotypes présents.
• Choisir des variétés de soya ayant une résistance partielle ou une « résistance à la pourriture des racines ». Ces variétés ont des niveaux de résistance variables à différentes races. Les variétés de soya partiellement résistantes peuvent quand même développer des symptômes, mais ceux-ci ont une incidence beaucoup plus faible sur le rendement (Figure 9).
• Les gènes de résistance au Phytophthora sojae sont Rps1a, Rps1c, Rps1k, Rps3a et Rps1k+ 3a.
• Améliorer le drainage du sol et gérer la compaction.
• Utiliser des traitements de semences qui peuvent atténuer la fonte des semis causée par Phytophthora sojae.

Brûlure phomopsienne :

• Semer des variétés de soya résistantes.
• Pratiquer des rotations de cultures et enfouir les résidus de cultures pour réduire l’inoculum.
• Il est possible qu’un traitement fongicide pendant les stades reproducteurs de la culture puisse aider à atténuer la gravité de la maladie.